Il gioco è ambientato nel luglio 1998 (quindi 2 anni nel futuro dalla produzione del videogioco) a Raccoon City, una città fittizia del Midwest americano situata tra i monti Arklay. Alcuni strani casi di omicidio e cannibalismo spingono ad indagare le squadre Bravo ed Alpha delle forze speciali locali "S.T.A.R.S." e, alla scomparsa della prima squadra, viene inviata la seconda per indagare, formata da Chris Redfield, Jill Valentine, Albert Wesker, Barry Burton, Joseph Frost e Brad Vickers. Atterrata con un elicottero nei pressi di una villa, la squadra è attaccata da un branco di cani feroci che uccidono Joseph Frost e la costringono a ripiegare nella misteriosa magione.
Quella che pareva essere una semplice villa si scopre essere l'accesso ad un centro di ricerca della Umbrella Corporation, in cui vengono svolti esperimenti illegali su armi biologiche da impiegare in guerra. Questi test hanno portato alla creazione di nuove specie mutanti assetate di sangue e di un virus capace di modificare la struttura cellulare degli esseri viventi. Il virus ha però un enorme fattore di contagio, e ha nel frattempo contagiato tutto il personale medico e tutti coloro trasformandoli in irrazionali e violenti non morti.
Impersonando Jill Valentine o Chris Redfield il giocatore deve investigare sugli esperimenti condotti dall'Umbrella, trovare eventuali superstiti della squadra Bravo e cercare infine di scappare, il tutto cercando di sopravvivere ai non morti e terrificanti mostri quali il serpente gigante Yawn, delle piante infette, la tarantola Black Tiger e gli squali giganti Neptune. I protagonisti dovranno vedersela anche con una fitta rete di intrighi, tradimenti e orrori che li accompagneranno con un crescendo sempre maggiore per tutto il corso dell'avventura.
